La N,O-Bis(trimetilsilil)trifluoroacetamida (BSTFA) (CAS: 25561-30-2) se utiliza para la síntesis de productos intermedios farmacéuticos. Se utiliza como reactivo en la preparación de ribósidos de pirimidinona y análogos que muestran propiedades antitumorales. BSTFA con trimetilclorosilano ha encontrado aplicación para su uso en cromatografía de gases (GC) y espectrometría de masas (MS). BSTFA es similar a BSA en la especificidad de modificación y existen varios estudios que han utilizado ambos reactivos. Un estudio encontró que BSTFA es superior a BSA en la estabilidad del producto y el rendimiento del derivado. Otro estudio comparó varios donantes de trimetilsililo para la protección terminal de sílice y observó que BSTFA era más reactivo que BSA pero menos reactivo que TMCim. Tanto BSA como BSTFA se utilizaron para preparar derivados trimetilsilílicos de pirimidinas y purinas. BSTFA se utiliza con fines analíticos o como reactivo químico para la síntesis de moléculas más complejas. Es un reactivo de sililación útil en GC y GC-MS para la derivatización de una amplia gama de grupos funcionales en condiciones suaves. BSTFA es un intermedio farmacéutico importante, que puede reducir la polaridad de los compuestos que contienen hidroxi y aumentar su volatilidad, lo que hace que las muestras sean más adecuadas para el análisis de GC. Como reactivo de silanilación neutro suave, no solo tiene alta reactividad y buena selectividad, sino que también tiene las ventajas de un alto rendimiento de reacción y un postratamiento simple. También se utiliza como inhibidor de DAT y inhibidor de SLC6A2. Se utiliza habitualmente para derivatizar ácidos carboxílicos, fenoles, esteroides, aminas, alcoholes y alcaloides y amidas.